大棚蔬菜地由于复种指数高、长期连作种植、不按作物需肥规律科学施肥、超量施肥和单一施肥。致使土壤中微生物群体发生变化、病残体逐年积累、病虫害加重、土壤结构破坏、肥力衰退、土壤养分失衡、土壤酸化、盐化等现象。因此，大棚菜地如何防控连作障碍尤为重要。
1、合理轮作
        一是旱地轮作：同种蔬菜忌连作，同类蔬菜忌连作。轮作可使病菌失去寄主或改变生活环境，可以防治或减轻病虫害。二是水旱轮作或淹水排盐：有条件的可水旱轮作，水旱轮作由于土壤长期淹水，既可有效控制病、虫、草害，还可以水洗酸，以水洗盐，以水调节微生物群落。没条件水旱轮作的可以淹水浸泡6-8天，在采收后利用雨季沟渠有水条件放水浸泡同样也有较好的效果。
2、增施有机肥
        增施有机肥可以改善土壤结构，增强保肥、保水、供肥、透气、调温功能，增加有机质、氮、磷、钾及微量元素含量，提高土壤肥力效能和蓄肥性能减少化肥流失，增强土壤对酸碱的缓冲能力，提高难溶性磷酸盐和微量元素的有效性，还可消除农药残毒和重金属污染，促进作物光合作用，提高蔬菜品质。（农家肥一定要经过充分密封堆积，待其腐熟后再用）。
3、平衡施肥
        化肥施用不合理，尤其是氮肥施用过多，是连作蔬菜大棚土壤障碍的主导因素。因此平衡施肥是大棚蔬菜生产、高产、、的关键措施。因此在增施有机肥的基础上要合理施用氮、磷、钾。应根据测土配方、作物需肥规律和土壤供肥能力相结合，确定施肥种类及数量。
4、调节土壤pH值
        大棚蔬菜连作引起土壤酸化是一种普遍现象，主要是有机肥施用减少，化学氮肥、普钙用量增加，导致土壤酸化严重，影响作物正常生长和导致作物品质下降。每年应对棚内土壤作一次pH值检测，当pH≤5.5时，翻地时每亩可施用石灰50-100公斤，与土壤充分混匀，这样不但可提高pH值，还对土壤病菌有杀灭作用。
5、应用生物技术
        一是秸秆生物反应堆技术，秸秆在微生物菌种净化剂等作用下，定向转化成植物生长所需的二氧化碳，热量抗病孢子、酶、有机和无机养料，增加有益微生物群体。二是使用重茬剂。可促进有益微生物大量繁殖，抑制有害病菌生长，调节营养失衡，提高作物根系活力，增强抗性，有效冲销连作障碍，减轻重茬病害，提高产量。