对于无菌的吹灌封方法，容器的灌装是在无菌过滤空气的层流中进行的。但是，在容器制成和灌装之间有一段非常短的时间，此时，开口的容器以坯料的形式转移到灌装位置，恰好使容器暴露于洁净室的环境中。因此，在这段移动的时间里，就有可能使周围环境中的污染物进人容器。在形成坯料过程中使用的空气通常是无菌过滤空气。如果不是这样，非无菌空气就可能在坯料形成时进人其中。在简单的实际试验中可以证明肉汤灌装单元（总共超过44 0 0 0 )在高污染的环境中生产数日，其结果仍然是无菌的。为了达到在通常条件下产生的污染程度，可通过频繁的人员活动来污染环境（尽管总体上增加了污染程度）。在用高浓度个体雾化的枯草杆菌孢子人工污染的环境中进行更多的控制研究，在研究中，环境达到一定污染程度，会导致肉汤灌装单元的污染。所以在周围环境污染程度为lcfu/m3 时，推断结果是污染率应控制在4000000 中只有一个单位。

　为了在高度可信的无菌条件下生产无菌药品，由有经验的、经过培训的、对技术和无菌操作了解的人员来操作设备是至关重要的。由于技术的特性，机器运行过程中操作者的干预是有限制的，但是，吹灌封机器很复杂，一些操作者在正常生产中必须时刻在场。为了弄清楚在批量生产中哪些活动是禁止的，哪些是允许的，必须用文件清楚地规定出来。例如，如果发生像在灭菌产品通道或在与灌装区域直接相邻的区域内需立即修正的操作错误，通常都是被禁止的，因为它们会导致终止批量产品的生产，而像坯料和灌装容量调整之类的操作属于机器正常操作，是被允许的。虽然应该有为这些操作提供文件证明的程序化方法，但它们可能是机械程序。根据对所生产产品可能产生的影响，应该对操作干预进行分类，只有那些对产品无菌性没有危险的操作才能在操作中被允许。对于所有的机器，为了在较低限度的操作活动下使机器运行有效，吹灌封机器必须适当维护。应该有一套备有文件证明的保护性维护程序，并应详细说明与所有机器组成部分和相关系统以及服务进行维护相适的次数。维护应该保证所有活动部分充分润滑（但不要过度），在常规间歇中将过量的润滑剂除去以保持机器的清洁。活动部分之间的摩擦，尤其是软管和固定管道部件，可能是吹灌封机器的一个问题，这样会引起不希望有的粒子产生和裂缝，从而导致额外的维护和停机时间。在固定的时间间隔内应该对活动部件进行检查以避免磨损，同时要检查的还应包括更换常规的封条，新旧封条应一致。