调配后的果汁饮料在灌装之前需要进行灭菌，热法灭菌是常见的工艺。根据不同产品特性、后续匹配的灌装工艺及货架期的不同，可选择超高温瞬时灭菌（UHT）或高温短时灭菌（HTST）。UHT通常是指130℃以上保持数秒，而HTST的一个典型工艺是95℃保持30秒。不论采用何种工艺，二者的结构和工作原理是相似的，都有加热及温度保持功能。
换热器的形式有板片式、列管式、波纹管式等。对于含带果肉颗粒或高粘度的产品，必须使用管式换热器，以防堵塞。同时管式换热器的承压能力也更强，但制造成本高于板式换热器。
对于浊汁饮料或含乳的果汁饮料，我们推荐管式UHT；对于清汁饮料，可采用板式换热器的机型。
UHT/HTST机组的主要组成部分：蒸汽加热单元（蒸汽换热器及阀组）、过热水单元（热水罐）、一组多段式换热器、保持管、产品泵、热水泵、平衡罐、机架和管路等。